Análise de tripletos e de repetições em estruturas primárias de DNA

O desenvolvimento de equipamentos de descodificação massiva de genomas veio aumentar de uma forma brutal os dados disponíveis. No entanto, para desvendarmos informação relevante a partir da análise desses dados é necessário software cada vez mais específico, orientado para determinadas tarefas que auxiliem o investigador a obter conclusões o mais rápido possível. É nesse campo que a bioinformática surge, como aliado fundamental da biologia, uma vez que tira partido de métodos e infra-estruturas computacionais para desenvolver algoritmos e aplicações informáticas. Por outro lado, na maior parte das vezes, face a novas questões biológicas é necessário responder com novas soluções específicas, pelo que o desenvolvimento de aplicações se torna um desafio permanente para os engenheiros de software. Foi nesse contexto que surgiram os principais objectivos deste trabalho, centrados na análise de tripletos e de repetições em estruturas primárias de DNA. Para esse efeito, foram propostos novos métodos e novos algoritmos que permitirem o processamento e a obtenção de resultados sobre grandes volumes de dados. Ao nível da análise de tripletos de codões e de aminoácidos foi proposto um sistema concebido para duas vertentes: por um lado o processamento dos dados, por outro a disponibilização na Web dos dados processados, através de um mecanismo visual de composição de consultas. Relativamente à análise de repetições, foi proposto e desenvolvido um sistema para identificar padrões de nucleótidos e aminoácidos repetidos em sequências específicas, com particular aplicação em genes ortólogos. As soluções propostas foram posteriormente validadas através de casos de estudo que atestam a mais-valia do trabalho desenvolvido.

Um estudo sobre o comportamento de busca e uso de informação de pesquisadores das áreas de biologia molecular e biotecnologia : impactos do periódico científico eletrônico

O comportamento de busca e uso de informação dos pesquisadores da área de Biologia Molecular e Biotecnologia foi analisado com base no modelo de David Ellis, verificando como a informação científica em meio digital, principalmente o periódico científico eletrônico altera este comportamento. Constituiu-se de uma pesquisa qualitativa, que para a coleta de dados utilizou questões abertas, aplicadas por meio de uma entrevista aos pesquisadores do Departamento de Biologia Molecular e Biotecnologia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Os dados foram trabalhados em uma base de dados desenvolvida no software de análise qualitativa Nvivo versão 2.0, e posteriormente verificados com técnicas analíticas da teoria fundamentada, a codificação junto com o método comparativo constante. Os resultados alcançados mostraram um perfil de comportamento de busca e uso de informação do grupo de pesquisadores, com suas principais características, e as modificações, em vários aspectos, geradas pelo uso das tecnologias, destacando a não linearidade da busca e obtenção da informação. Constatou-se que os periódicos científicos eletrônicos são a principal fonte de informação destes pesquisadores, e que são amplamente utilizados e aceitos, mas o mesmo não acontece com aqueles de acesso livre ainda usados de modo restrito. Conclui, também, que o modelo de Ellis é válido, mas com ampliações e modificações. Sugeriu novos temas de estudo, relacionados ao enfoque pesquisado.

Dinâmica de metabólitos secundários em variedades de Casearia sylvestris e estudos iniciais de biologia molecular relacionados aos genes das enzimas GGPP sintase e Chiquimato desidrogenase (DHS)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estatística em biologia molecular: o passado, o presente e o futuro

Vivemos na era mais mensurável da história. Na era do petabyte (1000 terabytes) o desafio não é mais o armazenamento de dados, é dar-lhes sentido. Sendo esta a era da revolução dos dados, a respetiva análise torna-se parte integrante de várias ciências. Por exemplo, a biologia molecular deixa de ser uma ciência onde os biólogos estudam um gene de cada vez, para passar a produzir milhares (agora milhões) de medições por amostra para analisar. Além disso, ao contrário da análise do ADN, que é estática, a análise da expressão genética é dinâmica, uma vez que nos vários tecidos expressam-se genes diferentes. O geneticista John Craig Venter, sequenciava organismos isolados, mas com o aparecimento de novas tecnologias e computadores com elevada capacidade de memória, que permitem a análise de dados bastante complexos, passou a estudar ecossistemas inteiros: sequenciação dos microorganismos do oceano, desde 2003, e do ar, desde 2005. A complexidade dos dados é ainda potenciada pelas novas tecnologias que, ao surgirem, são ainda pouco exploradas, produzindo dados com mais ruído dos que as anteriores. Esta complexidade e grau de variabilidade fazem com que a estatística seja um importante e inequívoco contributo na análise. Na realidade, o papel da estatística na biologia molecular vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável desta ciência! A estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido.

Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2000: ecofisiologia e biologia molecular.

Maximização do aproveitamento das disponibilidades climáticas pela soja; Bases agronômicas e fisiológicas das respostas da soja à disponibilidade hídrica (04.2000.331-01); Bases agronômicas e fisiológicas das respostas da soja às condições térmicas e fotoperiódicas (04.2000.331-02); Identificação, clonagem e sequenciamento de genes diferencialmente expressos em resposta às variações climáticas em soja (04.2000.331-03); Manejo dos recursos disponíveis do ambiente para produção de soja (04.2000.331-04); Estratégias para amenizar impactos decorrentes das adversidades climáticas (04.2000.331-05); Modelos de simulação do desenvolvimento da cultura da soja em resposta às variáveis do ambiente (04.2000.331-06); Genética aplicada ao melhoramento da soja; Identificação de marcadores moleculares ligados a genes de resistência a doenças (04.2000.322-01); Variabilidade genética de patógenos de soja (04.2000.322-02); Caracterização do germoplasma ativo de soja com marcadores moleculares tipo AFLP e micros-satélites (04.2000.322-03); Genética quantitativa aplicada ao melhoramento da soja: diversidade genética e resistência a doenças (04.2000.322-04); Desenvolvimento de soja transgênica com genes de interesse ao melhoramento (04.2000.322-05); Zoneamento agroclimático das principais culturas de grãos do Brasil; Caracterização da aptidão climática de regiões para o cultivo de soja no Brasil (01.2000.051-03).

Identificação varietal e genotipagem: serviços oferecidos pelo Laboratório de Biologia Molecular da Embrapa Uva e Vinho.

2005

Análise de estratégias de processamento de dados GPS

Nos últimos anos, a rede de estações GPS permanentes tem crescido de forma sustentada em todo o mundo. Também em Portugal existe um número cada vez maior de estações permanentes, a maior parte das quais ligadas a instituições públicas e universidades. O volume de dados produzido por estas redes implica a criação de procedimentos automáticos de processamento de observações com metodologias adequadas. Tendo como objectivo principal processar os dados GPS provenientes de uma rede de estações da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (FCUL), foi elaborado um sistema de processamento automático de observações para um conjunto alargado de estações. A rede é constituída por estações IGS (Madrid, Maspalomas, Ponta Delgada, San Fernando e Villa Franca del Campo), por estações EUREF (Cascais, Vila Nova de Gaia e Lagos) e estações da FCUL (Flores, Graciosa, Santa Maria, Instituto de Meteorologia da Madeira, Observatório Astronómico de Lisboa Norte, Observatório Astronómico de Lisboa Sul). O processamento de observações GPS foi feito com recurso ao Bernese Processing Engine, uma componente do Bernese GPS Software 4.2, e foram utilizadas diferentes estratégias que incluem a modificação do ângulo de máscara, a determinação de gradientes troposféricos e a inclusão do efeito de carga oceânica. Neste trabalho são analisadas várias séries temporais e discutidas as vantagens e desvantagens de cada uma das estratégias utilizadas.

Comunicação eficaz entre um centro de processamento de dados e seus usuários

Efetua uma análise sobre a Amplitude dos Problemas de Comunicação Intraorganizacional entre a Estrutura de Processamento de Dados e o restante de uma Organização e determina suas possíveis causas, com base no Modelo de Empresa como um Sistema Sócio-Técnico Aberto. Para tal fim: consulta-se não só bibliografia tradicional norte-americana como também brasileira e japonesa; adota-se uma postura tanto quanto eclética e também menos ortodoxa, sem no entanto se ter a pretensão de polemizar.

Custos de sistemas e processamento de dados : apuração e distribuição econômica por centro de responsabilidade, em conglomerados financeiros

Esta dissertação procura mostrar uma metodologia de apuração e distribuição de custos de sistemas e processamento de dados e sua integração em controles gerenciais de conglomerados financeiros, através da exploração de um modelo de avaliação econômica por centro de responsabilidade.

Aplicação de softwares livres no Processamento de dados sísmicos de alta resolução

The increasing use of shallow seismic methods of high resolution, for investigations of geological problems, environmental or industrial, has impelled the development of techniques, flows and computational algorithms. The practice of applying techniques for processing this data, until recently it wasn t used and the interpretation of the data was made as they were acquired. In order to facilitate and contribute to the improvement of the practices adopted, was developed a free graphical application and open source, called OpenSeismic which is based on free software Seismic Un*x, widely used in the treatment of conventional seismic data used in the exploration of hydrocarbon reservoirs. The data used to validate the initiative were marine seismic data of high resolution, acquired by the laboratory of Geology and Marine Geophysics and Environmental Monitoring - GGEMMA, of the Federal University of Rio Grande do Norte UFRN, for the SISPLAT Project, located at the region of paleo-valley of the Rio Acu. These data were submitted to the processing flow developed by Gomes (2009), using the free software developed in this work, the OpenSeismic, as well other free software, the Seismic Un*x and the commercial software ProMAX, where despite its peculiarities has presented similar results

A física no contexto da biologia molecular

Nas últimas décadas tem havido uma crescente abordagem física no estudo de moléculas e sistemas macromoleculares de interesse biológico. Essa abordagem inclui tanto aspectos experimentais quanto teóricos. de fato, há um vasto campo a ser explorado pela física nessa área. Discutimos neste texto as características gerais e formação básica do profissional interessado em ter como objeto o estudo de sistemas biomoleculares, tanto em nível de graduação como na pós-graduação. Nessa linha de pensamento, assuntos como a formação básica e os fundamentos biológicos e físicos são discutidos.